1
、cell counting
：盡量做到準確
，會影響input結果
。
2
、cross link
：甲醛的終濃度是1%
，這個基本所有的protocol上都會強調
。
3
、resuspend cellswith SDS:一定要選用小的tip頭
，在液麵下吹打
，否則很容易產生氣泡
，後麵的sonication就麻煩了
。
4
、sonication
：ChIP中重要的一部分
，合適的條件要自己摸索
，可以一次嚐試不同次數的sonication
，然後建議采用EZ-ChIP上推薦的方法看看sonication的效果如何
。
5
、加入salmon spermDNA/Protein A or G之前要先混勻
，因為salmon sperm DNA是很粘稠的物質，若不混勻
，後麵你會發現beads的量不一樣
，自然也會影響實驗的結果
。
6
、wash 的時候前麵幾個步驟可以不用洗的太幹淨
，但後一個要盡量吸幹淨
，必要時可用gel loading tips吸
。
7
、含beads的samples離心時
，有的protocol上推薦是1000rpm
，45秒
，但可以根據情況調整
，但要注意轉速不能太快防止beads破碎
。（當然如果采用的是magnetic的beads就不存在這個問題）
8
、reverse crosslink可以是65°4個小時
，也可以overnight
。
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