如今的生物學研究已經離不開生物信息學的輔佐,這裏老談給大家介紹目前研究miRNA的一些在線數據庫
,看看它們是如何幫助你們在摸爬滾打中找準方向的
。這些數據庫中既有“進口”衝鋒槍miRbase
,又不乏“國產”戰鬥機starbase
。每一個數據庫的功能又不盡相同
,既有分子間相互作用的預測
,又有對已報道實驗結果的總結和整合
。
1
、starBase
:
一個高通量實驗數據CLIP-Seq(或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫,包含了miRNA-mRNA
,miRNA-lncRNA
,miRNA-circRNA
,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關係
。整合和構建多個流行的靶標預測軟件的交集和調控關係
。新版本發布時間
:2013年11月
。
網址
:https://starbase.sysu.edu.cn/
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